60多年来，学校大力开展科学研究，积极开展基础研究、产业技术、区域发展等方面的国内外合作、联合研究，探索科学研究面向经济社会发展、与人才培养紧密结合、促进学科交叉融合的途径和模式，积极参与技术创新体系建设，参与组建产学研战略联盟，科学研究取得了显著成效。学校设有6个独立建制的科研机构：中国民族信息技术研究院、格萨尔研究院、海外民族文献研究所、伊斯兰文化研究所、甘肃省动物细胞工程技术研究中心、中国藏文典籍全文数字化研究所。

　　2001年以来，学校承担各类科研项目1852项，其中国家科技支撑项目5项，“863”项目2项，国家自然科学基金项目100项，国家社会科学基金项目143项，省部级项目439项。科研成果获得国家级奖励2项，省部级奖励411项。学校研发《藏汉双语信息处理系统》获1999年国家科技进步二等奖，《藏文视窗平台、字处理软件和藏文网站》获2001年国家科技进步二等奖，受到了江泽民、胡锦涛等党和国家领导人的高度评价。学校编辑出版的《法藏敦煌藏文文献》和《英藏敦煌藏文文献》，实现了我国珍贵历史文献的回归与面世，被誉为敦煌学与藏学研究的又一个里程碑。

　　学校建有3个甘肃省人文社会科学重点研究基地：西北少数民族文学研究中心、西北少数民族宗教研究中心、西北民族问题研究中心；1个省级哲学社会科学重大研究基地：民族地区经济社会发展研究中心；2个国家民委人文社科重点研究基地：西北民族文献研究基地、西北民族非物质文化遗产保护研究中心；中国统一战线理论研究会民族宗教理论甘肃研究基地。学校成为“民族信息科学与技术协同创新中心”牵头单位，成为“一带一路安全问题协同创新中心”、“中国多民族文化凝聚与国家认同协同创新中心”、“丝绸之路与华夏文明传承发展协同创新中心”核心协同单位。建有国家民委——教育部共建重点实验室：中国民族语言文字信息技术实验室；4个国家民委重点实验室：藏文信息技术实验室、生物工程与技术实验室、口腔医学综合实验室、电子材料实验室。同时，建有省级工程中心：甘肃省动物细胞工程技术研究中心；甘肃省重点实验室：甘肃省新型建材与建筑节能重点实验室、甘肃省民族语言智能处理重点实验室（培育基地）；甘肃省高校环境友好复合材料及生物质利用重点实验室。